Transições entre as etapas de ensino são frequentes e esperadas durante a trajetória escolar, todavia, cada uma tem sua especificidade e reúne fatores que podem prejudicar o desempenho escolar dos discentes ao ingressarem em uma nova fase de ensino. Assim, para elucidar esta complexidade de fatores, o estudo tem como objeto entender o processo de transição dos alunos dos do Ensino Fundamental I para o Ensino Fundamental II mostrando as dificuldades de aprendizagem no ensino de ciências naturais. Esse estudo enquadrou se em uma abordagem qualitativa, onde foi realizado um diálogo entre alguns professores de matérias específicas, como Ciências, Língua Portuguesa, Matemática e Educação Física dos 6º anos e alguns professores de 5° anos. E foi concluído que a aplicação de atividades diferenciadas, principalmente em Ciências permite o envolvimento dos estudantes com discussões nas atividades propostas. Onde expunham suas ideias e opiniões de forma bastante satisfatória, mostrando dessa forma que estão em processo de construção da consciência científica. Vale destacar que as habilidades identificadas durante a aplicação das atividades, como o levantamento de hipóteses, argumentação, justificativa e explicação são importantes não só para disciplina de Ciências, mas para as demais disciplinas do currículo.